Theo Quyết định số 791/QĐ-ĐS ngày 25/6/2014 của Tổng giám đốc Tổng công ty ĐSVN về việc sắp xếp, tổ chức lại Văn phòng và các Ban tham mưu, giúp việc của Tổng công ty ĐSVN, bắt đầu từ ngày 1/7/2014, Tổng công ty ĐSVN giải thể các Ban: Kế hoạch - Thống kê, Hợp tác Quốc tế, Kinh doanh Vận tải, Đầu máy toa xe, Khoa học công nghệ, Pháp chế, đồng thời quyết định thành lập mới 3 ban: Ban Kế hoạch - Kinh doanh; Ban Vận tải và Đầu máy Toa xe; Ban Hợp tác Quốc tế và Khoa học công nghệ. Theo đó, Ban Kế hoạch - Kinh doanh thành lập trên cơ sở Ban Kế hoạch - Thống kê trước đây, bổ sung chức năng, nhiệm vụ về kế hoạch, kinh doanh vận tải thuộc Ban Kinh doanh Vận tải; kế hoạch, kinh doanh kết cấu hạ tầng ĐS thuộc Ban Quản lý cơ sở hạ tầng ĐS; công nghệ thông tin thuộc Ban Khoa học Công nghệ. Ban Vận tải và Đầu máy Toa xe thành lập trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại Ban Đầu máy toa xe và Ban Kinh doanh Vận tải, thực hiện chức năng, nhiệm vụ về quản lý các nghiệp vụ kỹ thuật về: đầu máy, toa xe; tổ chức chạy tàu, ga, vận tải hàng hoá và hành khách. Ban Hợp tác Quốc tế và Khoa học công nghệ thành lập trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại Ban Hợp tác Quốc tế và Ban Khoa học Công nghệ, thực hiện chức năng, nhiệm vụ về hợp tác Quốc tế và khoa học công nghệ, môi trường (chức năng, nhiệm vụ về công nghệ thông tin được chuyển giao về Ban Kế hoạch - Kinh doanh).

Chủ tịch Hội đồng thành viên Trần Ngọc Thành trao quyết định thành lập các Ban mới của Tổng công ty ĐSVN.

Cũng theo quyết định trên, Văn phòng Tổng công ty ĐSVN giải thể Tổ giúp việc, giao nhiệm vụ thư ký, giúp việc Hội đồng thành viên Tổng công ty ĐSVN do Tổ tổng hợp đảm nhiệm và bổ sung chức năng, nhiệm vụ tổng hợp của phòng Kế hoạch - Tổng hợp thuộc Ban Quản lý cơ sở hạ tầng ĐS về Văn Phòng; Ban Kiểm soát nội bộ bổ sung chức năng, nhiệm vụ của Ban Pháp chế; Ban Tài chính Kế toán bổ sung chức năng, nhiệm vụ về công tác tài chính của Ban Quản lý cơ sở hạ tầng ĐS; đổi tên Ban Quản lý cơ sở hạ tầng ĐS thành Ban Quản lý kết cấu hạ tầng ĐS, để thưc hiện chức năng, nhiệm vụ quản lý kỹ thuật, chất lượng công trình kết cấu hạ tầng đường sắt và giải thể các Phòng của Ban Quản lý cơ sở hạ tầng ĐS; đổi tên Ban Quản lý đầu tư và Xây dựng thành Ban Quản lý xây dựng để thực hiện chức năng, nhiệm vụ quản lý về đầu tư và xây dựng (trong bước thực hiện dự án đầu tư xây dựng công trình đến khi nghiệm thu bàn giao đưa công trình vào khai thác, sử dụng) của tất cả các nguồn vốn.

Cũng tại buổi lễ, Tổng công ty ĐSVN đã công bố các Quyết định bổ nhiệm, điều động cán bộ lãnh đạo tại các ban mới thành lập và tổ chức, sắp xếp lại.

 - Ban Vận tải và đầu máy Toa xe: Ông Nguyễn Hữu Tuyên, Trưởng ban Kinh doanh vận tải giữ chức Trưởng ban; các Phó trưởng ban gồm các ông: Nguyễn Văn Hòa, Lưu Mạnh Hà, Nguyễn Ngọc Viên, Nguyễn Quốc Huy, Nguyễn Trọng Nghĩa.

- Ban Kiểm soát nội bộ: Ông Hoàng Đăng Khoa, Phó Trưởng ban Kế hoạch - Thống kê giữ chức Trưởng ban; ông Nguyễn Trọng Khánh giữ chức Phó trưởng ban.

- Ban Chuẩn bị đầu tư: Ông Lê Hữu Hưng, Phó Trưởng ban phụ trách Ban Chuẩn bị đầu tư giữ chức Trưởng ban.

- Ban Kế hoạch - Kinh doanh: Bà Đỗ Thanh Hà, Trưởng ban Kiểm soát nội bộ giữ chức Trưởng ban. Các Phó trưởng ban gồm các ông bà: Phạm Thị Kim Dung, Đỗ Việt Quân, Trần Quốc Minh, Đặng Trần Phú, Nguyễn Duy Lương.

- Ban Hợp tác quốc tế và khoa học công nghệ: Bà Hàn Như Quỳnh, Trưởng ban Hợp tác quốc tế giữ chức Trưởng ban; các Phó trưởng ban gồm các ông bà: Lê Trọng Tuấn, Nguyễn Thị Thu Thành, Tăng Văn Dũng, Trần Viết Bản, Phan Hòa Bình.

- Ban Tổ chức cán bộ - lao động: Bà Đỗ Thị Hồng Châu, chuyên viên Ban Tổ chức cán bộ - lao động giữ chức Phó Trưởng ban.

* Ngày 30/6/2104, tại Công ty VTHK ĐS Hà Nội, ông Phạm Công Trịnh - Phó Tổng giám đốc đã thay mặt Tổng giám đốc Tổng công ty ĐSVN triển khai quyết định bổ nhiệm ông Nguyễn Viết Hiệp - Kỹ sư Vận tải ĐS, Phó Tổng giám đốc Công ty VTHK ĐS Hà Nội giữ chức Tổng giám đốc Công ty VTHK ĐS Hà Nội kể từ ngày 1/7/2014.

* Trong các ngày 26, 27/6/2014, Tổng giám đốc Tổng công ty ĐSVN cũng ký các quyết định về việc để ông Lê Trọng Tuấn thôi giữ chức Trưởng ban Khoa học công nghệ và bố trí giữ chức Phó Trưởng ban Hợp tác quốc tế và Khoa học công nghệ; ông Nguyễn Đức Nhân thôi giữ chức Trưởng ban Kế hoạch - Thống kê, đề nghị Đảng ủy Tổng công ty ĐSVN thực hiện quy trình bổ nhiệm giữ chức Phó Chánh văn phòng Đảng ủy; ông Bùi Kính Tuấn thôi giữ chức Trưởng ban Pháp chế, đề nghị Đảng ủy Tổng công ty ĐSVN thực hiện quy trình bổ nhiệm giữ chức Phó Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Đảng ủy Tổng công ty kể từ ngày 1/7/2014.

Phát biểu với cán bộ, công nhân viên chức Cơ quan Tổng công ty ĐSVN, Bí thư Đảng ủy, Chủ tịch Hội đồng thành viên Tổng công ty Trần Ngọc Thành khẳng định, việc tổ chức sắp xếp lại tổ chức, bộ máy cho phù hợp là việc làm tất yếu, thường xuyên nhằm đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ trong từng giai đoạn, hướng tới mục tiêu nâng cao hiệu quả hoạt động, khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp, nâng cao thu nhập của người lao động. Việc tổ chức, sắp xếp lại Văn phòng và các Ban tham mưu, giúp việc của Tổng công ty lần này là một nội dung trong tiến trình thực hiện Đề án tái cơ cấu Tổng công ty giai đoạn 2012-2015.

Nhân dịp này, đồng chí Trần Ngọc Thành - Bí thư Đảng ủy, Chủ tịchHội đồng thành viên Tổng công ty đã bày tỏ sự cảm ơn đối với cán bộ công nhân viên khối cơ quan Tổng công ty, đã ủng hộ và hành động vì chủ trương  tái cơ cấu của Tổng công ty, trong đó có thực hiện phương án sắp xếp, tổ chức lại tổ chức Văn phòng và các Ban tham mưu của Tổng công ty. Đồng chí Trần Ngọc Thành nhấn mạnh, việc tổ chức, sắp xếp lại Văn phòng và các Ban tham mưu của Tổng công ty nhằm phù hợp với yêu cầu sản xuất thực tế, nâng cao tính thống nhất, hiệu quả trong công tác tham mưu của các Ban, và mong muốn, trong thời gian tới, các Ban sẽ tiếp tục hoàn thành tốt nhiệm vụ, thực hiện tốt công cuộc đổi mới ngành ĐS.