Riêng về nội dung sắp xếp, tổ chức lại Văn phòng, các Ban tham mưu, giúp việc của Tổng công ty, Hội đồng thành viên thống nhất:
Với Văn phòng: Giải thể Tổ Giúp việc và giao Tổ Tổng hợp thực hiện nhiệm vụ thư ký, giúp việc HĐTV, Ban Tổng giám đốc Tổng công ty; đồng thời chuyển nhiệm vụ tổng hợp của Phòng Kế hoạch Tổng hợp thuộc Ban QLCSHT ĐS về Văn phòng.
Sau khi sắp xếp kiện toàn, bộ máy tham mưu của Tổng công ty thu gọn lại còn 10 ban. Trong đó, giữ nguyên các ban: Tổ chức cán bộ - LĐ, Chuẩn bị đầu tư, Bảo vệ ANQP; Ban Tài chính kế toán nhận thêm Phòng Tài chính của Ban QLCSHT ĐS; Văn phòng đại diện Tổng công ty tại Đà Nẵng.
Các ban còn lại bao gồm: Ban Kiểm soát nội bộ (bao gồm Ban Kiểm soát nội bộ và Ban Pháp chế); Ban Hợp tác quốc tế và khoa học công nghệ (bao gồm Ban Hợp tác quốc tế và Ban Khoa học công nghệ); Ban Kế hoạch – Kinh doanh (giữ nguyên Ban Kế hoạch thống kê hiện nay, đồng thời đảm nhiệm thêm nhiệm vụ kế hoạch, kinh doanh vận tải của Ban Kinh doanh vận tải; nhiệm vụ kế hoạch, kinh doanh kết cấu hạ tầng ĐS của Ban Quản lý CSHT ĐS và nhiệm vụ liên quan đến công nghệ thông tin của Ban Khoa học công nghệ); Ban Quản lý kết cấu hạ tầng ĐS (trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại Ban QLCSHT ĐS); Ban Kỹ thuật khai thác vận tải ĐS (trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại Ban Kinh doanh vận tải và Ban Đầu máy toa xe); Ban Quản lý xây dựng (trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại Ban Quản lý đầu tư và xây dựng).
Các Phân ban Quản lý CSHT ĐS các khu vực và các Ban Quản lý dự án ĐS các khu vực cũng sẽ được nghiên cứu sắp xếp, tổ chức lại hoạt động và kiện toàn.
